На счет питания U3 думаю не принципиально, делай как удобнее. Я выбрал удобство трассировки, чтобы красиво и удобно разводить было в данном месте.
По поводу версии на Латтис, то её еще нужно проверить и сделать все необходимые правки, если такие потребуются. Потом можете делать кому чего нравиться, я не против. Там народ выше постами сетовал на отсуствие сигналов для полноценного порта для периферии, вот кто хочет, можете добавить недостающие сигналы, чтобы работал заппер и другие примочки.

. К слову, их можно добавить и в текущей версии под первый циклон (для заппера там все сигналы выходят из ФПГА), кто хочет добавляйте, я лишь замечу, что в таком случае резонней будет использовать 74HC368 вместо жмени 1G240 для работы периферии.
На счет прошивки (повторюсь), лучше переделать трассировку, чтобы назначение выводов ФПГА совпадало с моей платой (как в финальной версии исходника платы), в противном случае нужно делать отдельный проект и назначать там уже по месту выводы под свою трассировку.
jaxkz ты главное исправь сигал DIR в U3, он должен идти на пин 75 и больше никуда, а R/W на слот уже идет из 55-го пина, ну и далее там по смещению вправо. Иначе будут траблы.
Актуальное назначение пинов ФПГА на данный момент:
set_location_assignment PIN_10 -to MCLK
set_location_assignment PIN_5 -to nRES
set_location_assignment PIN_1 -to nPAL
set_location_assignment PIN_3 -to nDENDY
set_location_assignment PIN_75 -to DB_DIR
set_location_assignment PIN_55 -to RW_EXT
set_location_assignment PIN_56 -to AB[0]
set_location_assignment PIN_68 -to AB[1]
set_location_assignment PIN_69 -to AB[2]
set_location_assignment PIN_70 -to AB[3]
set_location_assignment PIN_71 -to AB[4]
set_location_assignment PIN_72 -to AB[5]
set_location_assignment PIN_73 -to AB[6]
set_location_assignment PIN_74 -to AB[7]
set_location_assignment PIN_87 -to AB[8]
set_location_assignment PIN_89 -to AB[9]
set_location_assignment PIN_91 -to AB[10]
set_location_assignment PIN_97 -to AB[11]
set_location_assignment PIN_92 -to AB[12]
set_location_assignment PIN_90 -to AB[13]
set_location_assignment PIN_88 -to AB[14]
set_location_assignment PIN_65 -to DBUS[0]
set_location_assignment PIN_76 -to DBUS[1]
set_location_assignment PIN_77 -to DBUS[2]
set_location_assignment PIN_78 -to DBUS[3]
set_location_assignment PIN_79 -to DBUS[4]
set_location_assignment PIN_84 -to DBUS[5]
set_location_assignment PIN_85 -to DBUS[6]
set_location_assignment PIN_86 -to DBUS[7]
set_location_assignment PIN_4 -to nIN_EXT[1]
set_location_assignment PIN_2 -to nIN_EXT[0]
set_location_assignment PIN_100 -to SO_PWM
set_location_assignment PIN_99 -to DPCM_PWM
set_location_assignment PIN_66 -to nIRQ
set_location_assignment PIN_20 -to LE
set_location_assignment PIN_98 -to M2_OUT
set_location_assignment PIN_54 -to nROMSEL
set_location_assignment PIN_39 -to PD_BUS[0]
set_location_assignment PIN_37 -to PD_BUS[1]
set_location_assignment PIN_35 -to PD_BUS[2]
set_location_assignment PIN_29 -to PD_BUS[3]
set_location_assignment PIN_28 -to PD_BUS[4]
set_location_assignment PIN_34 -to PD_BUS[5]
set_location_assignment PIN_36 -to PD_BUS[6]
set_location_assignment PIN_38 -to PD_BUS[7]
set_location_assignment PIN_50 -to PA[8]
set_location_assignment PIN_49 -to PA[9]
set_location_assignment PIN_48 -to PA[10]
set_location_assignment PIN_47 -to PA[11]
set_location_assignment PIN_41 -to PA[12]
set_location_assignment PIN_40 -to PA[13]
set_location_assignment PIN_42 -to ALE
set_location_assignment PIN_53 -to nRD
set_location_assignment PIN_52 -to nWR
set_location_assignment PIN_51 -to VRAMA10
set_location_assignment PIN_57 -to nVRAMCS
set_location_assignment PIN_27 -to comp[0]
set_location_assignment PIN_26 -to comp[1]
set_location_assignment PIN_25 -to comp[2]
set_location_assignment PIN_24 -to comp[3]
set_location_assignment PIN_23 -to comp[4]
set_location_assignment PIN_22 -to comp[5]
set_location_assignment PIN_21 -to comp[6]