Ну напиши, несколько байтов всего. Не вижу в этом проблемы.
В первую очередь надо пытаться осуществить переключение встроенными "родными" программами. Если по какой-либо причине это невозможно, то писать свои.
На днях удалось осуществить переключение PRG-банков в TMNT TF следующим образом:

Как это работает, понял лишь в общих чертах: манипуляции с адресами памяти 8000 и 8001 и вставка туда нужных байтов, определяющих номер банка. Полностью разбираться не было ни времени, ни желания, учитывая, что нет нормальных доков по MMC3 на русском языке (или я их просто не понял, или не нашёл). К тому же каждая игра, как я понял, для работы с маппером будет использовать свои области памяти, свои подпрограммы и свои переменные.
В TMNT TF дохрена свободного места для PRG, но большинство из него нельзя использовать без переключения банков.
Некоторые области кода из оригинальной игры, осуществляющие переключение банков:
$F5DB:A9 30 LDA #$30
$F5DD:D0 1A BNE $F5F9
$F5DF:A9 32 LDA #$32
$F5E1:D0 16 BNE $F5F9
$F5E3:A9 34 LDA #$34
$F5E5:D0 12 BNE $F5F9
$F5E7:A9 36 LDA #$36
$F5E9:D0 0E BNE $F5F9
$F5EB:A9 38 LDA #$38
$F5ED:D0 0A BNE $F5F9
$F5EF:A9 3A LDA #$3A
$F5F1:D0 06 BNE $F5F9
$F5F3:A9 3C LDA #$3C
$F5F5:D0 02 BNE $F5F9
$F5F7:A9 3E LDA #$3E
$F5F9:E6 3D INC $003D = #$01
$F5FB:A4 3D LDY $003D = #$01
$F5FD:99 3E 00 STA $003E,Y @ $003F = #$34
$F600:A0 06 LDY #$06
$F602:84 42 STY $0042 = #$07
$F604:8C 00 80 STY $8000 = #$00
$F607:8D 01 80 STA $8001 = #$AD
$F60A:C8 INY
$F60B:18 CLC
$F60C:69 01 ADC #$01
$F60E:84 42 STY $0042 = #$07
$F610:8C 00 80 STY $8000 = #$00
$F613:8D 01 80 STA $8001 = #$AD
$F616:60 RTS
$F617:C6 3D DEC $003D = #$01
$F619:A4 3D LDY $003D = #$01
$F61B:B9 3E 00 LDA $003E,Y @ $003F = #$34
$F61E:10 E0 BPL $F600
$F620:A5 23 LDA $0023 = #$01
$F622:85 3C STA $003C = #$00
$F624:D0 10 BNE $F636
$F626:A5 34 LDA $0034 = #$16
$F628:85 38 STA $0038 = #$16
$F62A:A5 35 LDA $0035 = #$14
$F62C:85 39 STA $0039 = #$14
$F62E:A5 36 LDA $0036 = #$05
$F630:85 3A STA $003A = #$05
$F632:A5 37 LDA $0037 = #$00
$F634:85 3B STA $003B = #$00
$F636:A5 32 LDA $0032 = #$7C
$F638:A2 00 LDX #$00
$F63A:8E 00 80 STX $8000 = #$00
$F63D:8D 01 80 STA $8001 = #$AD
$F640:E8 INX
$F641:A5 33 LDA $0033 = #$7E
$F643:8E 00 80 STX $8000 = #$00
$F646:8D 01 80 STA $8001 = #$AD
$F649:E8 INX
$F64A:A0 03 LDY #$03
$F64C:B5 36 LDA $36,X @ $0135 = #$00
$F64E:8E 00 80 STX $8000 = #$00
$F651:8D 01 80 STA $8001 = #$AD
$F654:E8 INX
$F655:88 DEY
$F656:10 F4 BPL $F64C
$F658:60 RTS
$F659:20 69 F6 JSR $F669
$F65C:20 01 80 JSR $8001
$F65F:A6 46 LDX $0046 = #$30
$F661:20 76 F6 JSR $F676
$F664:A0 00 LDY #$00
$F666:84 2E STY $002E = #$00
$F668:60 RTS
$F669:A0 01 LDY #$01
$F66B:84 2E STY $002E = #$00
$F66D:AD 00 80 LDA $8000 = #$00
$F670:09 30 ORA #$30
$F672:85 46 STA $0046 = #$30
$F674:A2 30 LDX #$30
$F676:A0 06 LDY #$06
$F678:84 43 STY $0043 = #$07
$F67A:8C 00 80 STY $8000 = #$00
$F67D:8E 01 80 STX $8001 = #$AD
$F680:C8 INY
$F681:E8 INX
$F682:84 43 STY $0043 = #$07
$F684:8C 00 80 STY $8000 = #$00
$F687:8E 01 80 STX $8001 = #$AD
$F68A:60 RTS
$F6C2:84 A9 STY $00A9 = #$08
$F6C4:A4 2E LDY $002E = #$00
$F6C6:D0 DD BNE $F6A5
$F6C8:86 A8 STX $00A8 = #$08
$F6CA:20 69 F6 JSR $F669
$F6CD:20 5D 90 JSR $905D
$F6D0:4C A0 F6 JMP $F6A0
$F6D3:20 E3 F5 JSR $F5E3
$F6D6:20 1F D7 JSR $D71F
$F6D9:4C 17 F6 JMP $F617
$F6DC:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F6DF:20 01 80 JSR $8001
$F6E2:4C 17 F6 JMP $F617
$F6E5:48 PHA
$F6E6:20 EB F5 JSR $F5EB
$F6E9:68 PLA
$F6EA:20 76 80 JSR $8076
$F6ED:4C 17 F6 JMP $F617
$F6F0:20 E7 F5 JSR $F5E7
$F6F3:20 01 80 JSR $8001
$F6F6:4C 17 F6 JMP $F617
$F6F9:20 E7 F5 JSR $F5E7
$F6FC:20 CE 80 JSR $80CE
$F6FF:4C 17 F6 JMP $F617
$F702:20 EB F5 JSR $F5EB
$F705:20 06 80 JSR $8006
$F708:4C 17 F6 JMP $F617
$F70B:20 EF F5 JSR $F5EF
$F70E:20 01 80 JSR $8001
$F711:4C 17 F6 JMP $F617
$F714:20 DF F5 JSR $F5DF
$F717:20 42 B1 JSR $B142
$F71A:4C 17 F6 JMP $F617
$F71D:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F720:20 7B 8C JSR $8C7B
$F723:4C 17 F6 JMP $F617
$F726:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F729:20 BB 82 JSR $82BB
$F72C:4C 17 F6 JMP $F617
$F72F:A9 02 LDA #$02
$F731:2C A9 00 BIT $00A9 = #$08
$F734:85 0A STA $000A = #$FF
$F736:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F739:20 52 84 JSR $8452
$F73C:4C 17 F6 JMP $F617
$F73F:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F742:20 D6 85 JSR $85D6
$F745:4C 17 F6 JMP $F617
$F748:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F74B:20 90 88 JSR $8890
$F74E:4C 17 F6 JMP $F617
$F751:20 DF F5 JSR $F5DF
$F754:20 51 BB JSR $BB51
$F757:4C 17 F6 JMP $F617
$F75A:48 PHA
$F75B:20 DF F5 JSR $F5DF
$F75E:68 PLA
$F75F:20 B3 B0 JSR $B0B3
$F762:20 F6 AF JSR $AFF6
$F765:4C 17 F6 JMP $F617
$F768:98 TYA
$F769:48 PHA
$F76A:20 DF F5 JSR $F5DF
$F76D:68 PLA
$F76E:A8 TAY
$F76F:20 E7 8A JSR $8AE7
$F772:4C 17 F6 JMP $F617
$F775:A0 00 LDY #$00
$F777:A2 01 LDX #$01
$F779:20 0C D2 JSR $D20C
$F77C:AC 70 05 LDY $0570 = #$01
$F77F:38 SEC
$F780:F9 4C AD SBC $AD4C,Y @ $AD70 = #$47
$F783:90 09 BCC $F78E
$F785:AC 71 05 LDY $0571 = #$01
$F788:38 SEC
$F789:F9 4C AD SBC $AD4C,Y @ $AD70 = #$47
$F78C:B0 02 BCS $F790
$F78E:A9 00 LDA #$00
$F790:8D 38 06 STA $0638 = #$38
$F793:60 RTS
$F794:20 DF F5 JSR $F5DF
$F797:20 1F FD JSR $FD1F
$F79A:4C 17 F6 JMP $F617
$F79D:20 DF F5 JSR $F5DF
$F7A0:20 B7 BB JSR $BBB7
$F7A3:4C 17 F6 JMP $F617
$F7A6:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7A9:20 6A 8A JSR $8A6A
$F7AC:4C 17 F6 JMP $F617
$F7AF:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7B2:20 9F 90 JSR $909F
$F7B5:4C 17 F6 JMP $F617
$F7B8:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7BB:20 00 96 JSR $9600
$F7BE:4C 17 F6 JMP $F617
$F7C1:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7C4:20 2B 9F JSR $9F2B
$F7C7:4C 17 F6 JMP $F617
$F7CA:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7CD:20 BF 9F JSR $9FBF
$F7D0:4C 17 F6 JMP $F617
$F7D3:48 PHA
$F7D4:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7D7:68 PLA
$F7D8:20 E3 A0 JSR $A0E3
$F7DB:4C 17 F6 JMP $F617
$F7DE:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7E1:20 36 9B JSR $9B36
$F7E4:4C 17 F6 JMP $F617
$F7E7:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7EA:20 6C A3 JSR $A36C
$F7ED:4C 17 F6 JMP $F617
$F7F0:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7F3:20 8F A4 JSR $A48F
$F7F6:4C 17 F6 JMP $F617
$F7F9:20 F3 F5 JSR $F5F3
$F7FC:20 27 A4 JSR $A427
$F7FF:4C 17 F6 JMP $F617
$F802:20 DF F5 JSR $F5DF
$F805:20 11 BF JSR $BF11
$F808:4C 17 F6 JMP $F617
$F80B:20 DF F5 JSR $F5DF
$F80E:20 F6 AF JSR $AFF6
$F811:4C 17 F6 JMP $F617
$F8DB:A2 00 LDX #$00
$F8DD:A5 4E LDA $004E = #$5C
$F8DF:8E 00 80 STX $8000 = #$04
$F8E2:8D 01 80 STA $8001 = #$CD
$F8E5:E8 INX
$F8E6:A5 4F LDA $004F = #$5E
$F8E8:8E 00 80 STX $8000 = #$04
$F8EB:8D 01 80 STA $8001 = #$CD
$F8EE:60 RTS