По-хорошему о таких вещах эмулятор должен предупреждать
Должен, но не нам.

Что именно нужно прописывать вручную в конфигурационных файлах?
Что-то я нить диалога потерял. Прописывать что-бы что? Вроде я пытался выяснить где и при каких условиях у тебя драйвер cdrom32 бьёт менеджмент расширенной памяти, а ты уже меня о чём-то спрашиваешь без уточнений. У меня в 86Box в DOS 6.22 можно вобще ничего не прописывать. Того что пишет в autoexec.bat и config.sys установщик cdrom32 уже достаточно чтобы всё работало. Но поскольку ты говорил о каком-то менеджменте расширенной памяти, то я от себя ещё добавил:
DOS=HIGH,UMB
DEVICE=C:\DOS\EMM386.EXE NOEMS
А в команде загрузки драйвера cdrom32, прописанной установщиком, заменил DEVICE на DEVICEHIGH для загрузки в расширенную память. Ну и перед командой автозапуска mscdex.exe в autoexec.bat добавил LH с той же целью.
Но это всё наугад, потому что ты не говоришь с каким менеджером памяти и в какой конфигурации у тебя возникли проблемы. Может ты QEEM какой-нибудь используешь, я ж не знаю что проверять.