Эмуляторам, в общем то, пофигу на контрольную сумму (на счёт родного железа - не уверен), но фиксить её - это что-то вроде хороших манер в ромхакинге 
На самом деле контрольной суммы не касается ни железо, ни его эмуляторы.
Дело в том, что вся инициализация железа (подготовка памяти, VDP, Z80, PSG и стека) лежит на плечах самой игры. Поэтому в любом РОМе можно найти стандартный код инициализации, который абсолютно одинаков почти во всех играх.
Проверка контрольной суммы тоже выполняется самой игрой (железо не имеет к этому отношение). Эмуляторы только предлагают автоматически исправлять эту сумму, чтобы игра всегда считала, что она верная. Алгоритм вычисления чек сумм, опять же, одинаков во всех играх (в качестве исключения могу привести только порт Марио, в котором он отличается, и включение опции 'Auto-fix check sum' приводит к тому, что игра не работает).
На что влияет чек сумма? Зависит от игры, так как все в ее руках. Обычно, если чексума в заголовке не совпадает с настоящей, игры не запускаются или отображают красный экран (например, Соник 1 и 2). Я еще не видел, чтобы игра специально генерировала баги, если сумма неверна.