Или ты все свои правки в отдельные листинги выносишь и потом их вставляешь в готовый ром, как в конфигах выложенных?
Да всегда по-разному.
Да иногда правки /или новый код в отдельных файлах, которые вставляются потом вручную, либо запихиваются через asm68.
Второй вариант - код полностью взят из иды, и ром собирается, но не всё разобрано (а в некоторых поинтеры вообще заманаешься править), поэтому опять же используется 'вставка' с jsr чтобы ничего не 'съехало', но всё это делается уже в одном файле.
И в этом варианте ещё - если что-то где-то удаляешь, потом можно добавлять всякие org $xxxx , или .PAD $xxxx,$EA.
Ну если есть полный дизассембл, тут всё конечно легко. Или почти полный (то есть там где нужно - например отдельный банки которые не трогаешь.
Добавлено позже:А дальше, если в иде следующий кусок дизассемблируешь, то как совмещаешь с тем, что уже написан?
Тут ничего не скажу, надо просто избегать этого. Если планируешь много менять , тогда надо сразу побольше продизассемблить. Ну если уже так есть, и изменений немного, их просто заново переписать в обновлённый дизассембл.
Главное продизассемблить сам код, а если что имена функций потом можно обновлять вручную параллельно и там и там.
Вообще если хочешь можешь прям в иде писать свой код, insert и shift+insert, а старый через hide скрывать. Но лично я так не делаю.