Его позволяется изменять только при первом запуске, а потом нужно лезть в INI и там выставлять в ручную
заходи приблизительно в эту папку D:\Emuls\EmuCR-Pcsx2-r3795\inis (короче заходи в папку inis в корне эмулятора) там открывай GSdx.ini и меняй разрешение
у меня этого файла почемуто нет GSdx.ini