где у него файл конфига хранится, а то удалить и заного поставить то настройки сохранены, кто знает в чем проблема? и где конфиг его хранится?
Где-то тут смотри:
[HKEY_CURRENT_USER\Software\epsxe\config]
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Vision Thing]
Можно написать такой скрипт:
@echo off
regedit.exe -ea d:\epsxe.reg "HKEY_CURRENT_USER\Software\epsxe\"
regedit.exe -ea d:\epsxe-plugins.reg "HKEY_CURRENT_USER\Software\Vision Thing\"
echo backup created on disk d
pause
Сохранить в блокноте с расширением bat или cmd и запускать с правами админа.
Бэкап появится на диске D.
Ну а восстановить, думаю, что понятно как.
А вообще, есть портативные сборки ePSXe и PCSXR. Работают через костыль, но лично у меня проблемы с ними небыло
эмулятор ePSXe работал норм, потом начал с переодичностью притормаживать и в это время звук хрипит.
Думаю, что проблема не в эмуле.

Тем более, что на PCSXR так же. Значит, система работает неадекватно или в плагинах настройки задраны сильно.
Смотри загрузку системы в этот момент и какие процессы его грузят, попробуй с софтовым плагином питовским.
Сотри эти две ветки реестра эмуля и заново настрой. Попробуй поменять плагин на звук.
Убедись, что комп соответствует и, что видеокарта не "спит". Заполни профиль, какое железо используется.