Это проект для FPGA, но на какую платформу в итоге ее скомпилировать уже зависит от применения, можно под мистер, а можно и под кастомные платы с ФПГА на борту, тут уже решать пользователю. И да, Altera EPM3064A CPLD не подойдет, ибо это ПЛИС на скромные 64 ячейки, а тут нужно бужет как минимум раз в 100 больше ресурсов. Но в итоге все можно будет уместить в одну микросхему и чипы памяти тоже. То есть в теории нужно будет ФПГА, слот для карика ну и остальная периферия, кодеры РГБ, Цап и прочее, ну и возможно шифтеры уровней для сопряжения с 5-ти вольтовым оборудованием. К слову, что-то подобное планирую в ближайшее время сделать для Денди из своих верилогов оригинальных чипов. В итоге какой бы путь не выбрал топикстартер, пожелаю ему удачи, ведь дорогу осилит идущий. 
Благодарю за ответ! Это мой первый проект в области создания приставок, до этого не имел дела ни с пайкой плат, ни с ПЛИС, ни со сборкой клонов ZX-Spectrum и прочих похожих систем, поэтому могу задавать много вопросов.
Насколько правильно понял, то из FPGA-чипа, загрузив в него образ Nuked SMS, можно сделать
виртуальную "группу чипов", которые в отличие оригинала, не разбросаны по всей плате, а собраны в одном месте (внутри FPGA).
Потом из понимания, на какой части FPGA находится определенный чип, дорожки FPGA можно соединять с конкретным элементом на плате приставки (приложу рисунок своего представления ниже).
Если что-то не так, прошу объяснить в чём недочёты.
1.Оригинальная система. Рисунки плат из сервис-мануала приставки
2. Расположение чипов и дорожек из сервис-мануала. Строго закреплено в документации
3. Прописывание в FPGA точного расположение "виртуальных дорожек". В реальной системе эти дорожки соединяют чипы между собой. В NukedSMS эмулируется связь чипов, как на настоящей приставке
4. "Виртуальные чипы" FPGA. В NukedSMS прописано расположение "виртуальных чипов", их взаимодействие между собой, описывание связи: (Вирт. чип) - (FPGA) - (Порт FPGA) - (Реальная дорожка) - (Устройство ввода/вывода). Являются сбором всех чипов на приставке, но внутри FPGA.
5. "Виртуальная дорожка". Эмулирует связь "Виртуальных чипов", которую выполняют реальные медные дорожки внутри реальной приставки.
6. Реальная медная дорожка. Соединяет FPGA с остальными внешними элементами на плате (транзисторы, остальные чипы, джойстики и т.д.)
7. Программируемые порты FPGA. Показывают, где находится "виртуальные чипы" и соединяет FPGA с внешними элементами.
Добавлено позже:А можно полюбопытствовать, зачем? Какие видятся преимущества? Я понимаю, раритетный оригинал. А так, SMS есть по умолчанию в любой SEGA MD, и игры запускаются через флешкартридж.
Добрый день! Как хобби. Хочется сделать доступной эту систему для всех, чтобы любой желающий смог поиграть "вживую" и собрать её у себя дома, т.к. хороший оригинал с картриджами - весьма дорогая вещь и с каждым годом найти его труднее. На мой взгляд это хороший способ популяризации данной системы, как это есть с ZX-Spectrum и его советскими клонами, когда своими руками можно сделать игровую приставку и писать для нее игры и пр.
Касательно совместимости SMS и SMD (поправьте меня). Не вся библиотека SMS совместима на MD. Power-Base Converter- "костыль" для запуска игр с Master System. В разработке клона мне нужна точность для полной эмуляции настоящей консоли.
Просмотр сообщений
и Нюку удалось на базе фото с силикон порна и прочих ресурсов с фотками чипов сделать качественный фпга клон. В дискорде эму-раши я наблюдал весь прогресс воочию 
. Чипы мегадрайва также были нами векторизованы и изучены, наверное проще собрать приставку на их базе и перевести их принудительно в режим (M3)SMS, чем найти оригинальные чипы у нас. Ну наверное только Z80 доставаем без особых проблем