Смотреть надо. В двух словах - какой в конфиге указан, тот и запускается.
Добавлено позже:Если папка с кикстартами и прочими прошивками указана в сеттинге Paths, то в Quickstart выбираем модель Emulated Hardware и, возможно, её дополнительную конфигурацию. Если модель стоит A500 - запустится кикстарт 1.3 (или 1.2 - смотрим выбор Configurarion), если модель A1200 или A4000 - обычно запускается кикстарт 3.1.

Можно сохранять конфигурации. Автоматом с настройками по-умолчанию они не запоминаются, чтоб неопытный пользователь не накрутил конфигурацию, которая работать не сможет.