попробовал запихнуть их в образ игры через Daemon Tools Lite - не получилось, эмулятор не распознаёт образ.
Как в данном процессе оказался Daemon Tools?

Нормальный образ должен идти в виде треков и .CUE файла. Там треки меняются просто заменой файлов. Ну и тривиальным редактированием .CUE файла, если изначально в дампе музыка в виде бинарников, а у тебя на руках WAV в CD качестве.
Добавлено позже: Doom (Fix Patch v0.2.1) с отдельными аудио треками в формате
.WAV. Их можно менять на любые частотой
44.1KHz. Запускать в эмуляторе (или записывать на болванку для железа) нужно через
.CUE файл.