Я не готовое видео имею в виду, а во время записи эмулятор 60фпс показывал и пропадания спрайтов не было. Чем Sync Sound на это влияет?
В оригинальном snes9x 1.63, когда включается запись AVI, пропадает галка с Sync Sound, значит выключено и переходит на обычную синхронизацию по кадрам (или типа того). Вы написали, что откл. Sync Sound решает проблему, вот поэтому её не было при записи. У себя не заметил проблемы с Sync Sound.
У вас есть проблемы с пропаданием спрайтов в оригинальном snes9x и в BizHawk без включения RetroAchievements с настройками по умолчанию в обоих случаях? Видел посты с проблемами из-за RetroAchievements, но не с такой же.
Мониторьте нагрузку на потоки CPU и может нагрузку на GPU.