Softer,Sedabi, настроил как вы говорили (с MTVU и нативом), правда проверял не в прогрессиве и с деинтерлейсом. Образ поместил на рам диск.
За (почти) два круга на тсукубе лагнуло всего пару раз, зато не так как оно делало это обычно (доходило вплоть до прерывания звука). Т.е. лаги были намного кратче - вместо 0,3 секунд стало 0,1 и реже соответственно. Потом pcsx скушал всю имеющуюся память и уронил комп (работаю без свапа).
Скачал Auslogic Disk Defrag и ужаснулся от происходящего на диске, при том, что раз в неделю делаю дефрагментацию обычным дефрагментатором Windows (dfrgui.exe)