Вроде добрался до дома и до приставки. Если честно, я не нашел, где в IDE отключить(включить) bootloader. Есть только опция (на скрине внизу видно) Atmega old bootloader - старая версия. Кстати только с ней программа и загружается в плату, по другому никак. На сколько я понимаю (может конечно неправильно понимаю), то программатор нет смысла выставлять, так как загрузка происходит через встроенный microusb. На всякий случай пробовал загрузку через AVRISP mkll,ArduinoISP и USBasp никакой разницы не наблюдал. Про саму плату постом выше написал информацию. Какой вердикт? Клиент жить будет?

Я честно говоря даже не понимаю куда копать, настроек минимум, ни настройку фьюзов ни отключение bootloader найти не смог.

фото своей распайки прилагаю, Ну и фото диаграммы по которой распаивал тоже. Ардуина все так же, при запуске включает желтый, мигнет красным и все. Если лицензионный диск стоит, пишет вставьте диск PS1, Если штамповка, то на экране cd проигрыватель. Ситуация полностью идентична как у RomeroTheBat. А пока пробую поставить avrdude.
Добавлено позже: 1. Необходимо шить adrduino с помощью программатора/Arduino ISP. Если будете шить ардуинку по USB, то будете использовать bootloader. При использовании bootloader'a программа в адруино запускается с задержкой (после подачи питания), из-за этой задержки адруинка не успевает во время послать необходимые данные (это можно избежать используя внешнее питание).
2. Подключать питание не к выводу Vcc (Vin), а ко второму пину разъёма ICSP(программирования). Причина показана на видео на 7:52, у меня ситуация в точности как на видео.
После того как я выполнил эти два пункта у меня всё заработало.
Я правильно понимаю, без программатора ISP не смогу правильно прошить?