1) UA6527 и UA6528 имеют такую же распиновку, как оригинальные 2A03 и 2C02? А то мало ли...
Да. Только смотри на букву. В Famicom должны быть именно UA6527 и UA6528, а не UA6527P и UA6528P.
2) Я не знаю, что конкретно здохло, PPU, CPU, или оба. С перепайкой микросхем возиться зазря не очень хочется, учитывая мою неопытность, посему нарисовался такой вопрос - можно ли родным CPU и PPU просто обрубить питание, а новые тупо насадить поверх родных параллельно (в целях поиска неисправной старой). Скажется ли это пагубно на новых микросхемах? Заработает ли вообще поверх старых? Видел, такой трюк прокатывал на ZX Сперктруме (если не ошибаюсь), там таким образом выявляли дохлую микросхему памяти. Новую насаживали поверх старых вообще при включенном устройстве
При том успешно выявили и заменили.
Для начала, ИМХО, стоит отпаять плату с модулятором и 7805 и проверить, действительно ли там 5В выходит с 7805.
Про обрубание питания и напайку поверх - нет, так делать нельзя. Более того, не убедившись, что питающее напряжение в норме и на плате нигде нет КЗ, впаивать новые нельзя.
Выпаивать только с оплёткой для выпайки, только паяльной станцией с контролем температуры (температура не более 300). Иначе просто испортишь контактные площадки.
3) Если действия из второго пункта противопоказаны, то есть ли какой-нибудь способ узнать о работоспособности старых микросхем, не имея осциллографа?
Для начала, прозвонить их на КЗ по питанию уже после выпайки. Как выпаивать - написал выше.