Мне сложно выделить одну, т.к. я люблю всю серию, от DS до LAPD Future Cop. Относительно недавно перепрошел все, напишу о каждой именно с этого поколения (оговорюсь отдельно - говорю о сеговских версиях, до SNES руки еще не дошли).
Desert : моя первая игра на Мегадрайве в свое время (не в серии, а в принципе первый картридж). Зачетные попытки в реализм (правда, к концу они слабеют, но тем не менее). Игра ощущается наименее аркадно из всей серии и наиболее напряженно, цена ошибки (урона, потери топлива, перерасхода оружия, влета под радары или в другую Danger Zone) здесь наиболее высокая, играть интересно именно за счет этого - ощущаешь себя простым армейским пилотом на задании. Сюжет в рамках вменяемости, по крайней мере, без попыток в Тома Клэнси. Интересно летать по карте (находить MiA, копилота, сбитые F-15, аборигенов, жизни и т.п.). Минусы: короткая (что компенсируется сложностью), худший в серии звук, относительно бедная графика, относительно малое разнообразие врагов и миссий, не умеет в 6 кнопок.
Jungle: сюжет поплыл куда-то в сторону Клэнси и боевиков категории Б, но зато огромное количество всяких разных заданий, разнообразие во врагах, миссиях, картах, технике, подходах к миссиям (типа ночного Вегаса, когда свет только от взрывов и выстрелов). Прекрасный звук (вступительная тема по сию пору моя любимая из всей SMD-шной музыки), классные катсцены, умеет в 6 кнопок. Минусы: переусложнена, доп. техника несбалансирована и недоработана (с содроганием вспоминаю миссию на F-117, который и так-то через одно место управляется, так там еще и карта не в меру пестрая и не всегда видно, что перед тобой).
Urban: сюжет окончательно куку и Клэнси, теперь мы играем не просто пилотом, а каким-то спецагентом а-ля Мэтрикс из Коммандо, который умеет все. Выглядит слегка недопиленной и бедноватой по сравнению с Jungle, проще и покороче, топлива и снарядов сильно с избытком, есть спорные уровни "пешком", поддерживает 6 кнопок, но реализовано с багом (кстати, спасибо Sharpnull за исправление, в его фиксе наконец-то не скипаются катсцены на уровнях с 6-конопчным управлением), звук заметно хуже, чем в Jungle, графика чуть лучше. Однако сейчас для меня по балансу сложности, разнообразия и интереса - пожалуй, все же самая лучшая часть из классической трилогии (именно сейчас, в детстве бы сказал, что Jungle).