26wolf, нашёл другую проблему: нужно название игр делать коротким. Этот глупый эмулятор не знает, что на карте памяти ограничение количества символов (32), поэтому допустим Sonic The Hedgehog (W) (REV.bin сохранение превращается в Sonic The Hedgehog (W) (REV.mds., а ему нужно расширение .mds.gz. Для Sonic.bin будет правильное Sonic.mds.gz.
Прошлые сохранения у вас остались, удалите их из папки mds.
В общем-то, исходный код есть, можно исправить, даже если просто не добавлять .gz на конце - проблема уйдёт. (UPD: Не учёл ромы запущенные с HDD или флешки)