1. Влияют ли емкости этих конденсаторов на рабочую частоту кварца?
Больше влияют на стабильность запуска и размах сигнала. И ещё это зависит от входного сопротивления микросхемы, поэтому в разных схемах разные номиналы. И от типа кристалла кварца.
2. То что в плате стояли 18 и 39 пик вместо 2-х по 30 пик этот результат настройки (подгонки) или есть варианты (может горе ремонтники поставили любой подходящий)?
Вот
схема Юниор 2, на ней номиналы.
меня приколол такой параметр как точность настройки частоты
Не бери в голову. Достаточно того, что 26.601712 МГц, тем более, что потом ещё и на 6 делится.
Вообще номиналы конденсаторов не очень критичны, в разумных приделах, конечно, то есть в данном случае единицы пФ. Но бывают капризные кварцы и бывают капризные микросхемы. Сталкивался с таким, что микросхема не хочет генерить нормально
кварцы стареют, конденсаторы тоже. лучше всего вместо "глины" поставить подстроечный керамический конденсатор
Опять что-то новенькое

Вместо постоянной керамики поставить переменную, ну да, конечно надёжность "возрастёт"

Хотя в теории можно, просто поставить и покрутить в поисках генерёжки