Такая дрянь бы не прошла! 
Ошибаешься. Он устанавливался вместе с установщиком уторрента, который запускался с правами администратора, и это не вирус, а просто программа в фоне, потому антивирус бы промолчал. Возможно, ты просто пропустил это обновление и тебе повезло.
На винду подсел как на иглу
Чел, я не боюсь сложности линукса, я избегаю его в первую очередь из-за ноугамеза (вайн фтопку), далеко не столь широкой подборки софта, кривой работы эмуляторов (изредка попадаются вздохи линукс-юзеров на эту тему) и вероятного пердолинга там, где его можно было избежать. У многих производителей софта, линукс на вторых ролях, если не на третьих. Есть и свои плюсы, без порно, но хардкорному геймеру переходить на лини как-то нет резона.
Ноугамез побеждён стараниями Гейба. Вот, к примеру, Тень Мордора, только что докачалась (41,5 ГБ как-никак):

Осенью обещают ешё много чего портировать, включая Arkham Knight, даже ходят слухи насчёт Alien Isolation.
С отстутствием софта я не сталкивался, всё есть. Эмуляторами сильно не увлекался, но денди, сега, снес, геймбой, нинтендо дс, пс1 работают без проблем. Зато есть широкий выбор калькуляторов на любой вкус.
ДА! Ибо в отличии от скайпа, его нельзя перекачать на нормальную версию.
Боже, да вытащи ты calc.exe с XP или семёрки и радуйся жизни. И разве скайп внаглую не потребует обновления? На линуксе, кстати, не требует. И не показывает ни рекламу, ни фотки индусов.
gepar, возможно, у тебя стоит быстрый запуск в обеих виндовсах, и когда ты переключаешься на второй, что-то там делаешь, запускаешь первый, он-то не выключался и думает, что с изменённым разделом что-то случилось. Попробуй выключить быстрый запуск.