Если работаешь с уже готовым персом то при выборе палитры жмешь Custom... и выбираешь соновную палитру перса. А вот если перс делается с нуля, то надо поступить как я делала с Chameleon. Все спрайты которые будут задействованы собираются в один документ фотошопа (PSD), то есть большой лист примерно 1500*1500 px, с жестко заданым фоновым цветом (например #FF00FF). После всех операций (а я ещё перекрашивал одежду и рисовал "дедушкины медали

") делаем Indexed Color. Там выбираем Exact, а если не пускают (хотя не должно), то жмем Local (Adaptive) и даем ему 256 цветов. Заетм переводим в Custom... и жмем на том цвете который у нас прозрачный, и находится черт его знает где, записываем его # значение (внизу). Потом так же записваем тот цвет, что последний, то есть для прозрачности и меняем их местами, заменять цвета не должно, потому как палитра только определяется и формат только PSD. После этого жмем OK, и идем в меню Image -> Mode -> Color Table ... Знакомое меню?

Жмем Save ... и сохраняем палитру в ACT файл. А потом каждый спрайт сохраняем отдельно вырезая и вставляя в новое изображение. После вставки надо не забыть указать Indexed Color и выбрать Custom палитру, в первый раз, а потом можно выбирать тип палитры Previous, это будет та же палитра, что мы создавали.
А в FF последний цвет палитры и будет прозрачным, его не видно потому что выключена опция Activate Transperency слева, на панели настройки спрайтов. Только наод в .def файле прописать файл палитры и при вставке спрайтов не забывать ставить галочку Shared Palette.