Roketпро формат ящиков знаю, я же расписал его в документации.
проблема в том, что для ящиков нигде не хранится X и Y экрана, на котором они стоят, так что их не возможно отрисовать на каком-то конкретном экране. Хранится только номер экрана, на котором он должен появиться, когда до него бурундуки дойдут, для того, чтобы его корректно отобразить, нужно написать хитрый алгоритм обхода уровня по массиву скроллов, от стартовой точки до конечной, а она вообще задаётся объектов "выход", которых вообще может быть несколько, так что однозначного решения вообще нету.
Я для первых C&D похожий алгоритм писал для автоматической сортировки объектов, но вы с Ломаксом быстро его сломали развилками

Решением может быть только дописать конфиг под конкретный уровень конкретного хака, когда его форма будет уже известна (я так уже сделал для уровня 1-1, там форма - простая линия).
повторные экраны изменить просто - редактор раскладок же для этого и нужен. другое дело, что новые я не добавлял, расширением не занимался. попробую позже. но, теоретически, если делать хак, можно просто один из 9 уровней удалить, а его экраны растащить на остальные уровни - должно хватить для уникальности.