Начнём с того, что версии можно подразделить на 2 группы: классические (компактные) - где заставки реализованы простенькой векторной графикой аля Another world, и версии для компакт дисков - так сказать "ремэйки". В них заставки - это полноценные видео из красивого (по меркам того времени) пререндера. Вот для сравнения


Мне больше по вкусу классические версии. Заставки с дисковых версий какие то... не знаю. Бездушные чтоли. Но это дело вкуса.
Аижную версию не играл, но вроде бы она такая же как и DOS. Долгое время считал что лучшая версия именно на DOS, т.к. в ней более полные заставки (дополнительные кадры), и есть возможность делать зум. Вот несколько из этих дополнительных кадров:
http://www.hardcoregaming101.net/flashback/flashback-ibm-int1.pnghttp://www.hardcoregaming101.net/flashback/flashback-ibm-int2.pngОднако, поиграв более длительно и пройдя эту версия от начала и до конца, разочаровался. Отличия в заставках минимальны, а система защиты от копирования выбешивает просто нереально. На мой взгляд лучшая - картриджная для Sega Megadrive. В ней как то вот всё как надо, и синтезатор Сеги прекрасно справляется с задачей, музыка шикарно погружает в атмосферу.
Sega CD версия уникальна наличием музыки в течении всего уровня, но это немного меняет атмосферу игры, да и заставки там уже в другом стиле (т.к. это дисковая версия)
SNES - версия самая слабая. В ней более длинные загрузки и много мелочей порезано, хотя в конечном тоже играбельна. Но имея выбор, лучше выбрать другую версию.
Если интерисуют дисковые версии, то либо версия для 3DO, т.к. там качество видео гараздо выше чем в Sega CD, либо ещё можно заморочиться и поискать более позднюю DOS версию на CD. Но музыка в течении уровней есть только на Sega CD

Ну и напоследок, есть ещё ремэйк 2013 года с 2.5Д графикой, HD, все дела. Выходил и на ПК, есть в Стиме. Мне лично ремйэк понравился, но далеко не все разделили это мнение.
Добавлено позже:ах да, вот ещё интересная статейка где рассматриваются все версии
http://www.hardcoregaming101.net/flashback/flashback.htm