А СНЕС мощней
Процессор в SNES намного слабее (7.61 MHz против "2.68 and 3.58 Mhz (change able)" соответственно), такие динамические игры как "Contra - Hard Corps", "The Adventures of Batman and Robin", SNES просто не под силу, или взять "Micro Machines 2 - Turbo Tournament" на Genesis движок значительно плавней чем на SNES, хотя графика в SNES (особо всякие 3D эффекты) и музыка на высоте.
Полная совместимость с Мастер Систем
С выпуском Sega Mega Drive 2 обратную совместимость убрали (что-то подобное можно было наблюдать и с PS3)
P.S.На мой взгляд для любителей игр жанра RPG (JRPG) на СНЕС однозначно больше интересных игр, для любителей игр жанра Action, Beat 'em up, больше интересных игр на Genesis, для остальных жанров на обеих консолях достаточно много интересных игр, и здесь долго можно спорить
P.P.S. Подобная тема подробно обсуждается в журнале "Emu-Machine 01"